原則、疾患別リハビリテーションと通所リハビリテーションで実施する時間を明確に区切ることで運用が認められています。

ただ、「平成24年度介護報酬改定に関するQ&A(平成24年3月16日)」
http://www.mhlw.go.jp/topics/kaigo/housyu/dl/qa01.pdf
に記載されているような、下記の場合において認められることがあります。

-------------------------以下、一部抜粋-------------------------

【人員配置について】
問 85
保険医療機関において、脳血管疾患等リハビリテーション、運動器リハビリテーション又は呼吸器リハビリテーション(以下、疾患別リハビリテーション)と 1 時間以上 2 時間未満の通所リハビリテーションを同時に行う場合、理学療法士等は同日に疾患別リハビリテーションと通所リハビリテーションを提供することができるのか。
(答)
次の三つの条件をすべて満たす場合は可能である。
1.通所リハビリテーションにおける 20 分の個別リハビリテーションに従事した時間を、疾患別リハビリテーションの1単位とみなし、理学療法士等 1 人当たり 1 日 18 単位を標準、1 日 24 単位を上限とし、週 108 単位以内であること。
2.疾患別リハビリテーション 1 単位を通所リハビリテーションにおける個別リハビリテーション 20 分としてみなし、理学療法士等 1 人当たり 1 日合計8時間以内、週 36 時間以内であること。
3.理学療法士等の疾患別リハビリテーション及び通所リハビリテーションにおける個別リハビリテーションに従事する状況が、勤務簿等に記載されていること。

【面積について】
問86
保険医療機関が医療保険の脳血管疾患等リハビリテーション、運動器リハビリテーション又は呼吸器リハビリテーションの届出を行っており、当該保険医療機関において、一時間以上二時間未満の通所リハビリテーションを実施する際には、通所リハビリテーションに対する利用者のサービス提供に支障が生じない場合に限り、同一のスペースにおいて行うことも差し支えないこととされているが、通所リハビリテーションを行うために必要なスペースの具体的な計算方法はどうなるのか。
(答)
1時間以上2時間未満の通所リハビリテーションが提供される時間帯のいずれの時間においても、介護保険の通所リハビリテーションの利用者数と医療保険のリハビリテーションを受ける患者数を合算し、これに三平方メートルを乗じた面積以上が確保されていることが必要である。

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疾患別リハビリテーションと通所リハビリテーションを同じ時間帯に同じフロアで行う場合、所管厚生局にも拠りますがフロアを間仕切る、若しくはテープ等で分かるようにして、疾患別リハビリテーションと通所リハビリテーションが混合しないようにすることでも運用が認められる場合があります。

各厚生局により見解が分かれますので、実際に検討を進められる際には、直接所管の厚生局へお問い合わせください。